Em 1878, a empresa ferroviária Lancashire e Yorkshire Railway concedeu permissão para que os funcionários do departamento de transporte e vagões pudessem formar uma equipe de futebol, que foi posteriormente chamado de Newton Heath LYR. LYR significava “Lancashire e Yorkshire Railway” e foi usado para distinguir o time de seus colegas da Divisão de força motriz, que eram conhecidos como Newton Heath Loco. A equipe foi financiada pela empresa ferroviária, que pagou o contrato de arrendamento do seu primeiro estádio, a equipe jogou em um terreno perto do pátio ferroviário na Estrada do Norte. Diz-se que os jogadores foram “duros homens, diligente, que formaram um time poderoso”. Eles inicialmente realizaram jogos contra outras equipes de trabalhadores ferroviários, muito poucos dos quais foram registrados. Durante a temporada 1882-83, o time jogou um total de 26 partidas amistosas, e na temporada seguinte competiu na Copa Lancashire, mas perdeu 7-2 na primeira rodada para a equipe reserva do Blackburn Olympic.
Na temporada 1884-1885, o Newton Heath LYR participou da Manchester and District Challenge Cup, competição que reunia equipes da cidade de Manchester, a equipe chegou à final, mas perdeu pelo placar de 3-0 para o Hurst, a final foi em no estádio de Whalley Range, localizado na Grande Manchester. A equipe nunca deixou de marcar pelo menos três gols em cada uma das partidas que antecederam a final, inclusive em uma partida da primeira rodada contra Eccles, na qual venceu por 3-2, em North Road em 31 de Janeiro de 1885. No entanto, a presidência do Eccles apelou contra o resultado, alegando que o terceiro gol do Newton Heath foi irregular e não deveria ter sido validado. O jogo foi repetido duas semanas mais tarde em Henrietta Street. Desta vez, o Newton Heath venceu a partida por 3-0, colocando o resultado acima de qualquer dúvida .
O Newton Heath chegou à final da Manchester and District Challenge Cup mais cinco vezes, onde foi campeão por quatro oportunidades. Enquanto isso, em 1886, o clube começou a se expandir através da contratação de jogadores de renome nacional, tais como Jack Powell, que se tornou capitão do clube, Jack e Roger Doughty, e Tom Burke. Em 1886-87 o clube participou da FA Cup pela primeira vez e fizeram a estréia contra o Fleetwood Rangers, o time conseguiu um empate por 2-2, mas quando o capitão, do Newton Heath, Jack Powell se recusou a jogar o tempo extra, a equipe do Fleetwood foram premiados com a classificação.
Após isso o Newton Heath, decidiu realizar uma série de protestos, sem sucesso, com a Associação de Futebol que levou a Newton Heath LYR a não participar da FA Cup, até 1889.
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