Em 1888, o clube se tornou um membro fundador da The Combination, que organizava um campeonato de futebol regional. No entanto, após a extinção da Liga, com dificuldades financeiras, após apenas uma temporada, o Newton Heath se juntou a recém-formada Football Alliance.

Em 1890, depois de uma tentativa mal sucedida (que recebeu apenas um voto) para se juntar a Football League, o Newton Heath e 11 outros clubes, não filiados a Football League, formaram uma organização conhecida como a Football Alliance, no qual terminou em oitavo na primeira temporada. Depois de três outras tentativas, o clube juntou-se a Football League. Em sua última temporada na Football Alliance, em 1892, o clube terminou em segundo lugar com Nottingham Forest em primeiro, os dois conquistaram vagas na Primeira Divisão.

Nessa mesma época, o clube tinha cortado seus laços formais com a empresa ferroviária e tinha excluído o “LYR” de seu nome, embora a maioria dos jogadores ainda fossem funcionários da empresa ferroviária. O clube também se tornou uma companhia limitada, aumentando em £ 2000 seu capital social (em £ 1 cada), através de um formulário de candidatura que foi entregue a Alfred Harold Albut, primeiro secretário oficial do ube que posteriormente também assumiu funções gerenciais.

Em sua primeira temporada na Football League, o Newton Heath terminou em último lugar, porém conseguiu se manter na primeira divisão em virtude de uma vitória contra o Small Heath, campeão da Segunda Divisão, (que mais tarde se chamaria Birmingham City F.C.) nos play-offs. Em 1893, a equipe se mudou para um terreno novo em Bank Street, Clayton, ao lado de uma fábrica de produtos químicos. Foi dito que, quando o Newton Heath estavam perdendo, a fábrica expelia fumaça na tentativa de afetar a equipa visitante. A campanha de 1893-94, no entanto, não era melhor e eles foram mais uma vez para a disputa nos play-offs contra Liverpool. Desta vez Newton Heath foi derrotado por 2-0 e teve a dura honra de ser o primeiro time a ser rebaixado à Segunda Divisão.

Em 9 de Março de 1895, o técnico do Walsall Town Swifts registrou uma queixa oficial contra o estado do campo: “ Grande área do campo é com areia molhada, com poucos áreas com grama”. O jogo foi em frente e Newton Heath bater Walsall Cidade 14-0, a maior goleada oficial na história do clube, mas o resultado foi anulado e sem efeito algum. Em 1897, o clube realizou os play-offs, mas não conseguiu voltar para a Primeira Divisão.

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